Objetivo: Verificar a contaminação das canetas de alta rotação antes e após procedimentos odontológicos e após diferentes protocolos de desinfecção ou esterilização. Material e método: Para a verificação da contaminação bacteriana foram selecionadas 30 canetas de alta rotação (sorteio) de acadêmicos de odontologia. Imediatamente antes e depois do atendimento, foram coletadas amostras bacterianas da parte externa e interna das canetas de alta rotação. Após, estas foram divididas em três grupos de tratamento e novas coletas foram feitas depois dos procedimentos de assepsia. As amostras foram semeadas em ágar cérebro-coração e incubadas (370C/48h). Resultados: Todas as canetas de alta rotação apresentam aumento do número de colônias bacterianas após o procedimento clínico. As canetas esterilizadas (G2), tiveram elevada eliminação da contaminação bacteriana da parte externa, porém, internamente, nenhum método foi eficiente para controlar a carga microbiana. A desinfecção reduziu somente a carga microbiana da porção externa das canetas de alta rotação, (G1; G3). Conclusão: Sugere-se que a esterilização seja o protocolo de assepsia de escolha, pois garante uma redução mais segura do crescimento bacteriano nas canetas de alta rotação.